BioMinds Research Day Presentations Post (The LAST BIOMINDS BLOG)

En este dia me toco evaluar a tres estudiantes del progama BioMinds. En estas evaluaciones pude ver el trabajo de las estudiantes a las que me toco evaluar.

La primera estudiante que evalue fue Ireselies Melendez Rodriguez. El titulo de su investigacion es: Synthesis of Platinum (iii) Complexes of the type cis-[PtCl2(Am2)] Am= thiazolole and alkylthiazoles) Su investigacion trata sobre cambios a una droga utilizada en quimio terapia. En su investigacion lo que estaban haciendo era creando variantes de la droga cisplastin anadiendole grupos como los alkylthiazoles y thiazoles. Esto lo hizieron con experimentos complicados y obtuvieron varios de estos compuestos que en experimentos futuros seran probados como posibles sustitutos a la droga actual. Esta estudiante me explico el poster y lo pude entender aunque algunas partes de la explicacion estaban un poco fuera de orden.

La segunda estudiante que evalue fue: Rocio Arroyal. El tema de su investigacion era Vibrational Study of the Interactions Between Gluthatione and cis-[PtCl(NH3)2(thiazole)]. Esta investigacion trata mas o memos de lo mismo que la estudiante anterior, pero con grupos diferentes y procedimientos diferentes. En esta investigacion se desarrolo un nuevo compuesto llamado cis-[PtCl(NH3)2(thiazole)Cl]NO3, este se comparo con la droga original cisplaitin y se dieron cuenta de que el efecto de  este compuesto dura menos tiempo que la droga original y lo que se queria lograr era lo contrario.  Esta estudiante sabia de lo que estaba hablando; me explico todos los resultados claramente.

La tercera estudiante que evalue fue: Lianette Rivera. Su tema de investigacion era como se podria utilizar a Juana la Blanca como phytoremediador para contaminates derivados de metales pesados. El que ellos estaban utilizando era TNT. Este compuesto se queda en la tierra depues de las guerra y se ha comprobado que la planta Juan la blanca lo absorbe, en esta investigacion. Esta estudiante sabia lo que habia hecho; sabia ejemplos y sabia explicar su poster en poco tiempo ; bien explicado.

2nda entrada blog Tercer Semestre

El progreso para este semestre esta avanzando bastante rápido, ya que hemos estado haciendo dockings desde que comenzo el semestre. La única dificultad ha sido saber exactamente los parametros correctos para realizar el docking.  Estamos actualmente trabajando con esos parametros. Considero que estamos en aproximandamente 10-15% de las metas ya que pronto voy a comenzar a trabajar con todo lo referente al poster.

Abstract de mi investigación:

Dengue virus (DENV) is a single positive-stranded RNA enveloped virus belonging to the Flaviviridae family, genus Flavivirus. Four viral serotypes have been characterized (DENV-1 through DENV-4), all capable of producing symptoms associated with this disease including Dengue fever (DF), hemorrhagic fever (DHF), and/or shock syndrome (DSS). The envelope protein of this virus is known to interact with several proteins that have been identified as potential cell surface receptors including the Dendritic cell-specific intracellular adhesion molecule 3-grabbing non-integrin (DC-SIGN). These types of interactions require the expression of protein motifs that will allow for effective envelope protein-receptors interactions. Identification of these motifs can be important step in our understanding of viral related pathophysiology, and it will also provide tools for a rational design of new treatments that will affect viral entry and therefore infection. In the first part of this project, two putative protein-protein interaction motifs where identify in the envelope protein of this virus. We found that these motifs are well conserved among members of the Genus Flavivirus, and similar motifs were also found in other members of family Flaviviridae. In addition, the location of one of these motifs on the 3-D structure of envelope proteins, and the distance and orientation of the key aromatic amino acids in the motifs were found to be very similar. Taken together these results are consistent with the possibility that this motif is  involved in the protein-protein interactions required for viral entry. Last semester we initiated the studies of potential interactions between peptides containing this motif and cell surface receptors with the use of the docking software AutoDock 4. In order to achieve this goal an account was open in the UPR High Performance Computing facility and the required software package was installed and configured for remote access. Setting-up of this software was validated with the docking analysis of interaction between HIV-1 protease and its known inhibitor Indinavir. In addition, we initiated the AutoDock analysis of the interaction between a peptide containing the protein interaction motif and DC-SIGN receptor. As part of this study we are looking at the potential interaction of the peptide with the complete surface of the receptor (blind docking) or with the area of the receptor containing its putative protein-protein interaction motif. We are currently in the final steps of performing this docking analysis and in the process of evaluating the initial results. Finally, at the end of the semester, we will initiate studies employing AutoDock for Virtual Screening of Drug Databases in an attempt to identify drugs that can potentially block this interaction and therefore act as viral entry inhibitors

Último Blog Semestre #2

Resultados de este semestre:

En este semestre no tuve muchos resultados ya que era mayormente un semestre de training con el programa Auto-Dock. Estuve trabajando con un tutorial que se utiliza para calibrar el programa y saber que está corriendo adecuadamente. Este tutorial se basa en el docking de la droga Inadivir con su receptor conocido la proteasa de HIV. Mi Mentor y yo, con la ayuda de personas del HPCf, logramos correr este tutorial y poner a correr el programa. Luego empezamos a preparar nuestros files para correr el docking con DCSIGN y el péptido del semestre anterior; pero no pudimos ya que nos da varios errores. Estamos actualmente trabajando en arreglar estos errores y en hacer el docking con nuestros files.

Experiencia en ABRCMS:

Este semestre tuve la oportunidad de viajar a Orlando al “meeting” de ABRCMS; donde presente un poster de la investigación que hice el semestre pasado gracias a BIOMINDS. Gracias al ABRCMS Travel Award pude asistir a esta interesante conferencia científica sobre las ciencias biomédicas. En esta conferencia asistí a charlas sobre como presentar, a charlas científicas y también disfrute dando una vuelta por Orlando. En esta conferencia gane un premio por la presentación de mi investigación en el área de la microbiología. Esta conferencia fue muy emocionante e interesante. Puedes hacer “networking” al hablar y conocer posibles futuros mentores y futuros colegas en el área de las ciencias biológicas. Esta experiencia fue muy gratificante y ayuda a uno a dar lo mejor de si y lograr lo que uno quiera lograr.

Progreso de mi Investigacion

Mi investigacion este semestre esta un poco paralizada debido a problemas con el programa autodock. Mi investigacion es completamente computadorizada aka bioinformatica. Se puede decir que el % de progreso es de aproximadamente 25. debido a que se pudo correr el tutorial. Pero estamos teniendo problemas con los files de los receptores y de los peptidos que vamos a utilizar. Estamos esperando a que uno de los colaboradores de mi mentor que tiene un poco de experiencia en Auto Dock y es bioquimico decifre que es lo que esta pasando. En resumidas cuentas en este semestre mi investigacion no ha avanzado mucho pero avanzara en las proximas semanas. Para concluir mi investigacion tiene grandes espectativas y si los resultados son como se esperan teoricamente, podria dar cabida a un gran descubrimiento cientifico.

Tecnicas, Progreso y Dificultades

En cuanto a Tecnicas lo que estoy aprendiendo es como utilizar el programa AutoDock. Hemos tenido un poco de dificultades con este complicado programa ya que envuelve a veces un poco de programación y tenemos que visitar el HighPerformanceComputerfacility de la UPR en Rio Piedras para asistencia. El progreso que he tenido hasta ahora lo estimo de aproximandamente un 2 segun la escala provista o un 10% ya que el tutorial sobre este programa ya fue completado pero la utilización de este para la investigación esta un poco lenta debido a dificultades tecnicas.

Segundo Semestre: Metas

Las metas que proponemos para este semestre son las siguientes:

 

(1).  Instalar y poner a correr el programa “Auto Dock” utilizando las facilidades del “High Performance Computer Facility” de la UPR de Rio Piedras. 

 (2).  Una vez establecido este programa, analizaremos la capacidad de interaccion de los péptidos identificados el semestre pasado con su receptor primario (DC-SIGN).   

 (3).  Este proceso de “docking” sera repetido con otros péptidos similares que hemos identificado en otros viruses que utilizan ese mismo receptor. 

 

 

En el semestre anterior identificamos por medio de bioinformatica una serie de motifs en la proteina de la cubierta de viruses de la Familia Flaviviridae a la que pertenece el virus del Dengue.  Nuestra hypotesis en este momento es que este segmento pequeño de estas proteinas le permite interactuar con su receptor (”protein-protein interacction motif”).   Durante este semestre se continuara este trabajo mediante un analisis de la interaccion potencial entre este segmento de la proteina o peptido con uno de sus receptores.  Esto se llevara a cabo mediante el uso del programa de computadora “Autodock”.

 

Las nueva técnica que pienso desarrollar es principalmete; aprender a utilizar el programa Auto Dock, el cual es uno sumamente complicado

5to Post (Información Extra)

El Proyecto en el cual yo estoy trabajando se titula “Potential Protein-Protein Interaction in Envelope Glycoprotein of Dengue Virus and other Flavivirus” En este proyecto estamos usando bioinformatica para analyzar posibles interaciones entre las proteinas del envelope de los virus y los receptores conocidos para estos viruses.  Nosotros este semestres analizamos unos motifs o pedazos de esta proteinas encontrados por un metodo que solo conoce mi mentor, y verificamos por uso de secuencias (bajadas de NCBI) y estructuras 3D el “availability” de estos pedazos para determinar si podrian interactuar facilmente con estos pedazos previamente localizados. El proximo semestre se van a llevar a cabo “docking” y experimentos para determinar si estos motifs inhiben la entrada de estos viruses a las celulas.

Este es el resumen detallado mas o menos de mi proyecto o de lo que puedo hablar de el.

4to post

1. ¿Qué has aprendido?

He aprendido a manejar diferentes programas como PyMol, Cn3D, entre otros y a manejar bases de datos como pBlast (Protein Database NIH)

2. ¿Qué barreras y retos has tenido que afrontar para comenzar a realizar tu investigación?

Hasta ahor el reto ha sido tratar de manejar el tiempo para todo el trabajo que hay que hacer.

3. ¿Cómo has logrado superar esas barreras y retos?

Bueno dedicando mas tiempo del estipulado en la investigación

4. ¿Cuáles son tus expectativas para el semestre próximo?

Poder hacer los experimentos correspondiaentes a la investigación bioinformatica de este semestre.

3er Post

Las técnicas que yo he aprendido están relacionadas con bioinformatica. 

He aprendido a utilizar más o menos el database de proteinas pBlast de NIH.

 Esta tecnica puede ser utilizada para localizar secuencias específicas en alguna proteina y es util si deseas saber la secuencia de alguna proteina que ya se halla  caracterizado.

Otra técnica es comenzar a utilizar el programa Cn3D y PyMol para ver la secuencia de proteinas con la que estamos trabajando en su estructura 

tridimensional  para determinar algo en especifico que estamos buscando.

Proximamente estaré trabajando en un tipo de “training” en el programa Auto Dock para determinar si lo que estamos haciendo funciona.

 

1st post (creo que lo puse donde no era)

Hola, Mi nombre es Adriana Odette Diaz Quinones. Estudio en la Universidad de Puerto Rico en Cayey. Estoy en 1er ano. Mis metas profesionales consisten en hacer un Ph.D. en Biologia( no se el area todavia) y ser una investigadora y/o profesora de la universidad. Bio-Minds me ayudara a aprender a utilizar todos los recursos que pueda, por ejemplo utilizar el internet correctamente para buscar informacion cientifica fideligna. Me ayudara tambien a aprender tecnicas de investigacion haciendo investigacion. Mi investigacion actual es de “Protein-Protein Interaction in Dengue Virus” esto es un trabajo de Bioinformatica mayormente. Por lo menos este semestre. Mi mentor es Hector Maldonado. Seleccione esta investigacion porque me llamo la atencion el dengue y porque me gustaria saber maneras de investigacion diferentes como bioinformatica. Mi experiencia ha sido buena pero no ha sido en un laboratorio como tal sino por medio electronicos ya que es bioinformatica y no se tiene que estar en un laboratorio. He aprendido a utilizar “Databases” de proteinas y voy a empezar a aprender a utilizar el programa Auto Dock. Las Metas de este Semestre son: utilizar la bioinformatica para identificar si los motifs potenciales de interacion del dengue se preservan en todos los miembros de la familia de este virus(Faviviridae) y aprender a utilizar los databes y programas (Auto Dock, Geneoius, SwissProt/TreMBL, NIH Protein Data base (BLAST)

Links:
SwissProt/TrEMBL; (Protein knowledgebase and Computer-annotated supplement to Swiss-Prot)
http://www.expasy.ch/sprot/

National Center for Biotechnology Information (NCBI), Basic Local Alignment Search Tool (BLAST)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi

AutoDock (protein-protein docking software)
http://autodock.scripps.edu/

Geneious (bioinformatics software)
http://www.geneious.com/